BIOINFORMATIKA DI BIDANG BUDIDAYA

BIOINFORMATIKA DI BIDANG BUDIDAYA

Resume Jurnal

KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon

Andi Parenrengi*), Alimuddin**), Sukenda**), Komar Sumantadinata**),

dan Andi Tenriulo*)

*) Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau, Maros

**) Departemen Budidaya Perairan-FPIK, Institut Pertanian Bogor

Bioinformatika adalah suatu disiplin ilmu yang melibatkan dua aspek yaitu teknologi informatika ( TI ) dan aspek biologinya. Saat ini, Bioinformatika mempunyai peranan yang sangat penting terutama dalam bidang budidaya diantaranya untuk manajemen data biologi molekul, terutama sekuen DNA dan informasi genetika Bioinformatika membutuhkan sofware yang didukung oleh internet. 

Jurnal yang berjudul KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon merupakan salah satu aplikasi bioinformatika dalam bidang budidaya. Penelitian dalam jurnal ini dilakukan untuk mengetahui karakteristik gen anti virus yang diisolasi dari udang windu, Penaeus monodon. Penelitian ini dilakukan dengan mencocokkan gen anti virus yang terdapat pada udang windu dengan gen anti virus PmAV (Penaeus monodon Anti Viral gene). Gen anti virus PmAV (Penaeus monodon Anti Viral gene) merupakan salah satu gen pengkode anti virus yang berasal dari spesies krustase. Isolasi gen anti virus menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan selanjutnya dipurifikasi untuk sekuensing. Data yang dihasilkan dianalisis dengan program Genetyx Versi 7 dan basic local alignment search tool (BLAST). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen anti virus PmAV yang berhasil diisolasi dari cDNA udang windu dengan panjang sekuen 520 bp yang mengkodekan 170 asam amino. BLAST-N menunjukkan tingkat similaritas yang sangat tinggi (100%) dengan gen anti virus yang ada di GeneBank. Komposisi asam amino penyusun gen anti virus yang paling besar adalah serin (10,00%), sedangkan yang terkecil adalah asam amino prolin dan lisin masing-masing 1,76%. Analisis sekuen gen dan deduksi asam amino (BLAST-P) memperlihatkan adanya C-type lectin-like domain (CTLD) yang memiliki kemiripan dengan gen C-type lectin yang diisolasi dari beberapa spesies krustase.

Penelitian yang dilakukan akan lebih mudah dengan bioinformatika yaitu peneliti tidak perlu mengidentifikasi gen-gen yang ada pada udang tetapi dengan melihat pada basic local alignment search tool (BLAST) yang terdapata pada NCBI. Untuk lebih jelasnya tentang penelitian tersebut dapat dilihat sumber yang ada.

Sumber :

http://www.sidik.litbang.kkp.go.id/index.php/searchkatalog/downloadDatabyId/2019/hal_1-13_andi_parenrengi_udang_windu_IRWAN1.pdf