TUGAS UJIAN AKHIR SEMESTER TEKNOLOGI INFORMASI

TUGAS UJIAN TEKNOLOGI INFORMASI

Dosen : Ristiawan AN, Spi

Jurnal

Karakterisasi urutan diungkapkan tag yang diturunkan
polimorfisme nukleotida tunggal dalam kerang teluk
Argopecten irradians irradians

Ronghua Li Æ Qi Li Æ Lingfeng Kong

Jurnal ini merupakan aplikasi bioinformatika di dalam bidang budidaya tentang frekuensi  putative single-nucleotide polymorphisms (SNP) yang ada pada kerang teluk dengan mencocokkan dengan yang ada pada expressed sequenced tag (EST) dan basic local alignment search tool BLASTX.  

Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) adalah yang paling umum kelas dan unit terkecil dari variasi genetik hadir dalam genom Karena kepadatan yang tinggi frekuensi, laju mutasi yang lebih rendah dibandingkan dengan mikrosatelit spidol, penanda SNP menyediakan sumber daya yang kuat untuk linkage genomewide disekuilibrium dan asosiasi genetika studi. Penelitian dalam jurnal ini mengetahui karakteristik dan banyaknya Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) yang ada pada kerang teluk. Kerang teluk Argopecten irradians irradians  merupakan kerang nilai ekonomi yang besar dalam perikanan, genetik spidol diperlukan untuk memastikan pengelolaan yang berkelanjutan spesies ini, dan untuk penanda-assisted selection dan silsilah tekad dalam akuakultur. Juga perbaikan, genetik dari budidaya kerang teluk bisa  mendapatkan keuntungan besar dari yang lebih baik pemahaman tentang arsitektur serta evolusi genom nya. Dalam penelitian ini, kami menjelaskan deteksi dan karakteristik dari A. Irradians irradians EST terkait SNP dengan metode tetra-primer ARMS-PCR. Eksklusif kekuatan SNP divalidasi dalam analisis keturunan adalah simulasi dengan perbandingan dengan set yang diturunkan EST sederhana ulangi urutan penanda (EST-SSRs). Juga, penggunaan tabel kodon itu disimpulkan dari analisis EST database untuk menyelidiki perbedaan frekuensi antara dua alel dari SNP.

Hasil yang didapatkan Sebanyak 3905 SNP diduga terdeteksi dalam A. i. irradians EST database dan SNP rata putatif frekuensi diperkirakan satu per 118,2 bp contig urutan. Hal ini menunjukkan bahwa jumlah individu yang digunakan untuk EST menghasilkan memiliki pengaruh kuat pada SNP deteksi dan frekuensi. Karena urutan di i. A. Irradians EST database yang berasal dari perpustakaan cDNA dibangun dari hanya satu individu teluk kerang, frekuensi SNP dapat dianggap remeh.

Berikut adalah link dari jurnal yang saya dapat dari spingerlink UNDIP :))

 http://www.springerlink.com/content/d051740040652236/fulltext.pdf

BIOINFORMATIKA DI BIDANG BUDIDAYA

BIOINFORMATIKA DI BIDANG BUDIDAYA

Resume Jurnal

KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon

Andi Parenrengi*), Alimuddin**), Sukenda**), Komar Sumantadinata**),

dan Andi Tenriulo*)

*) Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau, Maros

**) Departemen Budidaya Perairan-FPIK, Institut Pertanian Bogor

Bioinformatika adalah suatu disiplin ilmu yang melibatkan dua aspek yaitu teknologi informatika ( TI ) dan aspek biologinya. Saat ini, Bioinformatika mempunyai peranan yang sangat penting terutama dalam bidang budidaya diantaranya untuk manajemen data biologi molekul, terutama sekuen DNA dan informasi genetika Bioinformatika membutuhkan sofware yang didukung oleh internet. 

Jurnal yang berjudul KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon merupakan salah satu aplikasi bioinformatika dalam bidang budidaya. Penelitian dalam jurnal ini dilakukan untuk mengetahui karakteristik gen anti virus yang diisolasi dari udang windu, Penaeus monodon. Penelitian ini dilakukan dengan mencocokkan gen anti virus yang terdapat pada udang windu dengan gen anti virus PmAV (Penaeus monodon Anti Viral gene). Gen anti virus PmAV (Penaeus monodon Anti Viral gene) merupakan salah satu gen pengkode anti virus yang berasal dari spesies krustase. Isolasi gen anti virus menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan selanjutnya dipurifikasi untuk sekuensing. Data yang dihasilkan dianalisis dengan program Genetyx Versi 7 dan basic local alignment search tool (BLAST). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen anti virus PmAV yang berhasil diisolasi dari cDNA udang windu dengan panjang sekuen 520 bp yang mengkodekan 170 asam amino. BLAST-N menunjukkan tingkat similaritas yang sangat tinggi (100%) dengan gen anti virus yang ada di GeneBank. Komposisi asam amino penyusun gen anti virus yang paling besar adalah serin (10,00%), sedangkan yang terkecil adalah asam amino prolin dan lisin masing-masing 1,76%. Analisis sekuen gen dan deduksi asam amino (BLAST-P) memperlihatkan adanya C-type lectin-like domain (CTLD) yang memiliki kemiripan dengan gen C-type lectin yang diisolasi dari beberapa spesies krustase.

Penelitian yang dilakukan akan lebih mudah dengan bioinformatika yaitu peneliti tidak perlu mengidentifikasi gen-gen yang ada pada udang tetapi dengan melihat pada basic local alignment search tool (BLAST) yang terdapata pada NCBI. Untuk lebih jelasnya tentang penelitian tersebut dapat dilihat sumber yang ada.

Sumber :

http://www.sidik.litbang.kkp.go.id/index.php/searchkatalog/downloadDatabyId/2019/hal_1-13_andi_parenrengi_udang_windu_IRWAN1.pdf