TUGAS UJIAN AKHIR SEMESTER TEKNOLOGI INFORMASI

TUGAS UJIAN TEKNOLOGI INFORMASI

Dosen : Ristiawan AN, Spi

Jurnal

Karakterisasi urutan diungkapkan tag yang diturunkan
polimorfisme nukleotida tunggal dalam kerang teluk
Argopecten irradians irradians

Ronghua Li Æ Qi Li Æ Lingfeng Kong

Jurnal ini merupakan aplikasi bioinformatika di dalam bidang budidaya tentang frekuensi  putative single-nucleotide polymorphisms (SNP) yang ada pada kerang teluk dengan mencocokkan dengan yang ada pada expressed sequenced tag (EST) dan basic local alignment search tool BLASTX.  

Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) adalah yang paling umum kelas dan unit terkecil dari variasi genetik hadir dalam genom Karena kepadatan yang tinggi frekuensi, laju mutasi yang lebih rendah dibandingkan dengan mikrosatelit spidol, penanda SNP menyediakan sumber daya yang kuat untuk linkage genomewide disekuilibrium dan asosiasi genetika studi. Penelitian dalam jurnal ini mengetahui karakteristik dan banyaknya Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) yang ada pada kerang teluk. Kerang teluk Argopecten irradians irradians  merupakan kerang nilai ekonomi yang besar dalam perikanan, genetik spidol diperlukan untuk memastikan pengelolaan yang berkelanjutan spesies ini, dan untuk penanda-assisted selection dan silsilah tekad dalam akuakultur. Juga perbaikan, genetik dari budidaya kerang teluk bisa  mendapatkan keuntungan besar dari yang lebih baik pemahaman tentang arsitektur serta evolusi genom nya. Dalam penelitian ini, kami menjelaskan deteksi dan karakteristik dari A. Irradians irradians EST terkait SNP dengan metode tetra-primer ARMS-PCR. Eksklusif kekuatan SNP divalidasi dalam analisis keturunan adalah simulasi dengan perbandingan dengan set yang diturunkan EST sederhana ulangi urutan penanda (EST-SSRs). Juga, penggunaan tabel kodon itu disimpulkan dari analisis EST database untuk menyelidiki perbedaan frekuensi antara dua alel dari SNP.

Hasil yang didapatkan Sebanyak 3905 SNP diduga terdeteksi dalam A. i. irradians EST database dan SNP rata putatif frekuensi diperkirakan satu per 118,2 bp contig urutan. Hal ini menunjukkan bahwa jumlah individu yang digunakan untuk EST menghasilkan memiliki pengaruh kuat pada SNP deteksi dan frekuensi. Karena urutan di i. A. Irradians EST database yang berasal dari perpustakaan cDNA dibangun dari hanya satu individu teluk kerang, frekuensi SNP dapat dianggap remeh.

Berikut adalah link dari jurnal yang saya dapat dari spingerlink UNDIP :))

 http://www.springerlink.com/content/d051740040652236/fulltext.pdf

BIOINFORMATIKA DI BIDANG BUDIDAYA

BIOINFORMATIKA DI BIDANG BUDIDAYA

Resume Jurnal

KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon

Andi Parenrengi*), Alimuddin**), Sukenda**), Komar Sumantadinata**),

dan Andi Tenriulo*)

*) Balai Riset Perikanan Budidaya Air Payau, Maros

**) Departemen Budidaya Perairan-FPIK, Institut Pertanian Bogor

Bioinformatika adalah suatu disiplin ilmu yang melibatkan dua aspek yaitu teknologi informatika ( TI ) dan aspek biologinya. Saat ini, Bioinformatika mempunyai peranan yang sangat penting terutama dalam bidang budidaya diantaranya untuk manajemen data biologi molekul, terutama sekuen DNA dan informasi genetika Bioinformatika membutuhkan sofware yang didukung oleh internet. 

Jurnal yang berjudul KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon merupakan salah satu aplikasi bioinformatika dalam bidang budidaya. Penelitian dalam jurnal ini dilakukan untuk mengetahui karakteristik gen anti virus yang diisolasi dari udang windu, Penaeus monodon. Penelitian ini dilakukan dengan mencocokkan gen anti virus yang terdapat pada udang windu dengan gen anti virus PmAV (Penaeus monodon Anti Viral gene). Gen anti virus PmAV (Penaeus monodon Anti Viral gene) merupakan salah satu gen pengkode anti virus yang berasal dari spesies krustase. Isolasi gen anti virus menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan selanjutnya dipurifikasi untuk sekuensing. Data yang dihasilkan dianalisis dengan program Genetyx Versi 7 dan basic local alignment search tool (BLAST). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen anti virus PmAV yang berhasil diisolasi dari cDNA udang windu dengan panjang sekuen 520 bp yang mengkodekan 170 asam amino. BLAST-N menunjukkan tingkat similaritas yang sangat tinggi (100%) dengan gen anti virus yang ada di GeneBank. Komposisi asam amino penyusun gen anti virus yang paling besar adalah serin (10,00%), sedangkan yang terkecil adalah asam amino prolin dan lisin masing-masing 1,76%. Analisis sekuen gen dan deduksi asam amino (BLAST-P) memperlihatkan adanya C-type lectin-like domain (CTLD) yang memiliki kemiripan dengan gen C-type lectin yang diisolasi dari beberapa spesies krustase.

Penelitian yang dilakukan akan lebih mudah dengan bioinformatika yaitu peneliti tidak perlu mengidentifikasi gen-gen yang ada pada udang tetapi dengan melihat pada basic local alignment search tool (BLAST) yang terdapata pada NCBI. Untuk lebih jelasnya tentang penelitian tersebut dapat dilihat sumber yang ada.

Sumber :

http://www.sidik.litbang.kkp.go.id/index.php/searchkatalog/downloadDatabyId/2019/hal_1-13_andi_parenrengi_udang_windu_IRWAN1.pdf

Sistem informasi geografis (sig) dan penginderaan jarak jauh

Jurnal Aplikasi Teknologi Informasi di Bidang Budidaya dibuat untuk memenuhi tugas Teknologi Informatika....
Jurnal dapat dilihat di alamat berikut :))

http://www.perpustakaan.lapan.go.id/jurnal/index.php/jurnal_inderaja/article/viewFile/478/409

Ditha Febriana DN 26010210110026

Nah, ini resume jurnal yang sudah saya buat..... :))

Aplikasi Data Landsat dan Sistem informasi geografis untuk Potensi Lahan Tambak di Kabupaten Banyuwangi

Ely Parwati. Ita Carolita*) dan Iskandar Effendy**) *) PenelitiBi dang Pcmroscsan Data Saielit Cuaca **) Peneliti Bidang Sumber Daya Alam dan Lingkungan

Teknologi informasi yang digunakan dalam aplikasinya di bidang budidaya adalah Sistem Informasi Geografis (SIG) dan Penginderaan Jarak Jauh. Aplikasi tersebut salah satunya dapat dimanfaatkan untuk evaluasi potensi lahan yang sesuai untuk budidaya tambak. Penelitian yang dilakukan di Kabuaten Banyuwangi menginformasikan tentang penggunaan lahan saat ini yang dapat diperoleh dari hasil analisi data inderaja, topografi/kemiringan lahan, jenis tanah dan iklim (curah hujan tahunan dan jumlah bulan kering. Evaluasi lahan menghasilkan 4 tingkat kesesuaian, yaitu:

1.  Sesuai

2.  Agak sesuai

3.  Kurang sesuai

4.  Tidak sesuai

Penelitian di Kabupaten Banyuwangi membahas tentang usaha pengembangan budidaya tambak dengan pemilihan lahan tambak yang sesuai untuk budidaya. Data perikanan dan tambak Kabupaten Banyuwangi menunjukkan dari kesembilan kecamatan yang memiliki pantai hanya enam kecamatan yang telah melakukan usaha budidaya tambak. Cara yang paling efisien dalam penentuan kesesuaian lahan tambak dalam mengembangkan usaha budidaya tambak itu sendiri adalah dengan menggunakan data penginderaan jarak jauh dan sistem informasi geografis (SIG).

Penelitian tersebut menggunakan data penginderaan jarak jauh Landsat 7-ETM dengan resolusi spasial 30 x 30 meter denagn batas administrasi dan vektor jalan yang diperoleh dari Bakosurtanal mempakan data pendukung yang dijadikan acuan. Peta-pcta yang digunakan adalah 1) Peta Jenis Tanah, 2) Peta Kcmiringan Lcrcng yang diturunkan dan Peta Rnpa, Bumi dan 3) Peta Arahan Tataniang Tanaman Pcrtanian. Selain itu data curah hujan dan elevasi wilayah setempat mempakan data pendukung yang digunakan sebagai bahan evaluasi potensi sumbcrdaya lahan. Kegiatan ini digunakan perangkat lunak Er-Mapper untuk pcngolahan data inderaja Landsat. Pengolahan data GIS digunakan perangkat lunak Arc-View dan Arc-Info. Perangkat lunak Excel mempakan peralatan utama yang digunakan untuk pcngolahan data-data dalam bentuk tabular. Selain itu untuk pengecekan di lapangan digunakan pesawat GPS (Geo Positioning System) sebagai pengukur posisi lokasi di lapangan.

Pengolahan data inderaja Landsat dan Sistem Informasi Geografi tcrdiri dan beberapa tahap kegiatan, yaitu:

1.  Koreksi radiometris

Koreksi ini dilakukan untuk mcmperkccil kesalahan yang disebabkan oleh faktor awan dan atmosfe.

2.  Koreksi gcomctris

Kecengkungan bumi akan mcnghasilkan jarak antar titik menjadi tidak sama di selumh permukaan bumi. Koreksi geomctrik akan mem­perkecil kesalahan tcrscbut schingga jarak antar titik dapat mendekati bidang datar.

3.  Analisis visual

Kemampuan data inderaja Landsat dengan kombinasi kanal yang berbeda sangat berguna untuk kebutuhan analisis visual. Kombinasi kanal 4,5, dan 3 (4 untuk Red 5 untuk Green dan 3 untuk blue) akan menonjolkan mangrove di antara penutup lahan lainnya.

4.  Klasifikasi penutup lahan

Klasifikasi penutup lahan dilakukan secara digital, Tcknik klasifikasi yang digunakan adalah metode Supervised.

5.  Potensi lahan untuk tambak

Penentuan potensi lahan untuk tambak adalah dcngan menilai kualitas suatu lahan dengan persyaratan yang hams dipenuhi untuk pengembangan lahan tambak.

Hasil dan Pembahasan

Hasil yang didapatkan berdasarkan data yang diperolch dan pengolahan citra Landsat mcnggunakan mctodc klasifikasi, didapatkan gambaran bahwa pada tahun 2002 bcrhasil diidentifikasi 1680 hcktar tambak di kabupatcn Banyuwangi. Yang tcrluas tcrdapat di kecamatan Muncar (sckitar 664.65 hektar), kemudian di Wongsorejo (350.55 hektar), di Banyuwangi (217.17 hektar) dan di Rabat (150 hcktar). Mangrove scbagai salah satu sumbcr kckayaan pesisir (secara ekonomis dan ckologis) juga banyak tcrdapat di scpanjang pantai Kabupaten Banyuwangi dan tcrluas terdapat di Kecamatan Tegaldlimo (2306.02 hektar), Muncar (200 hcktar). Punvoharjo (460 hcktar). Pola curah hujan rata-rata bulanan di Kabupaten Banyuwangi berkisar antara 1011-3477 mm. Pola curah hujan bulanan maksimum 307,49 mm, curah hujan minimum 70,22 mm.

Kesesuaian tambak dari hasil yang diperoleh dari analisa SIG dapat menunjukkan lahan yang scsuai untuk pengembangan tambak berdasarkan parameter-parameter tersebut, Kelas kesesuaian lahan dimulai dengan kelas "Sesuai" karena tolak ukur yang digunakan tidak semua. Penggunaan lahan untuk tambak di kabupatcn Banyuwangi saat ini didominasi oleh penggunaan untuk sawah di daerah dengan topografi datar. Sedangkan di daerah dengan topografi tidak rata (lereng > 3 %) digunakan untuk perkebunan. Lahan yang masih dapat dibudidayakan untuk tambak adalah lahan terbuka, rumput dan semak. Lahan terbuka banyak terdapat di Kecamatan Wogsorejo dan Kecamatan Pesanggaran.

Topografi/kemiringan lahan cukup banyak lahan yang digunakan di Kabupatcn Banyuwangi yang dapat dikembangkan untuk tambak, yakni di sepanjang pesisir. Tctapi apabila dikaitkan dengan jenis tanah yang sesuai untuk tambak, maka lahan yang dapat dikembangkan untuk tambak saat ini menjadi tidak begitu luas. Jenis tanah di Kabupaten Bangtiwangi cukup beragam, mulai dan jenis tanah Andosol sampai Aluvial.

Bcsar Curah hujan di Kabupaten Banyuwangi berkisar dan 1400 mm sampai 3500 mm pertahunnya. Curah hujan cocok untuk tambak adalah yang besarnya antara 1000 mm sampai 2000 mm. Sedangkan jumlah bulan kering yang baik untuk tambak adalah 2 atau 3 bulan. Umumnya daerah yang mempunyai iklim seperti ini juga berada di daerah pesisir. Sementara di daerah upland curah hujan umumnya curah hujan tahunan lebih besar dari 2000 mm/tahun.

Kesimpulan

Hasil analisis mcnggunakan data inderaja dan SIG untuk evaluasi potensi lahan tambak di Kabupaten Banyuwangi mcnunjukkan adanya areal di tiga kccamaian yang masuk dalam kategori sesuai, yaitu Kecamatan Muncar, Rogojampi serta Pesanggaran.

Areal dcngan kategori agak sesuai ada di sckitar Kecamatan Srono, Cluring, Singqjuruh. Pesangaran, Banyuwangi, Glagah dan Kabat. Kelas dengan kategori kurang sesuai tcrdapat di hampir seluruh wilayah di Kabupaten Banyuwangi. Hal ini dikarenakan beberapa parameter tidak memenuhi persyaralan untuk tambak. tetapi parameter lopografi dan land use bclum merupakan faktor penghambat yang bcrat.

Daerah dengan kategori tidak sesuai ini banyak terdapat di upland, yakni di bagian utara Kabupaten Banyuwangi dan di sebelah barat Kabupaten Banyuwangi.

SUMBER :

http://www.perpustakaan.lapan.go.id/jurnal/index.php/jurnal_inderaja/article/viewFile/478/409

 

  Bioinformatika

                  dalam Budidaya Perikanan  

Bioinformatika adalah suatu disiplin ilmu yang melibatkan dua aspek yaitu teknologi informatika ( TI ) dan aspek biologinya. Aplikasi dari bioinformatika tersebut dapat kita lakukan pada bidang budidaya sesuai dengan bidang yang ditekuni. Saat ini, Bioinformatika mempunyai peranan yang sangat penting, diantaranya untuk manajemen data biologi molekul, terutama sekuen DNA dan informasi genetika Bioinformatika membutuhkan sofware yang didukung oleh internet.

Fokus bioteknologi budidaya adalah meningkatkan laju pertumbuhan, tanpa mengabaikan peningkatan terhadap penyakit dan toleransi terhadap kondisi lingkungan. Penangkaran selektiv apa yang lebih dikenal dengan selective breeding merupakan contoh bioteknologi yang telah lama dilakukan. Sekarang ini telah dikembangkan sebuah penanda genetik atau genetik marker yang merupakan alat bantu seleksi.

Penanda genetik juga disebut dengan penanda, marker, atau marka merupakan penciri individu yang terlihat oleh nata atau terdeteksi dengan alternatif tertentu yang menunjukkan genotipes suatu individu. Bentunya dapat berupa penampilan fenotipe / morfologi tertentu, dan kandungan senyawa ( protein atau produk biokimia tertentu. Genetik marker, memudahkan kita untuk menyeleksi induk ikan yang unggul contohnya ikan titang yang merupakan salah satu komoditas ekspor yang cukup tinggi.

Sumber : http://www.scribd.com/doc/56046305/Aplikasi-Bioteknologi-Akuakultur-Dengan-Menggunakan-Genetik-Marker-Untuk-Budidaya-Ikan-Titang